Python Module Index

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	h
	`htmd`
	`htmd.adaptive`
	`htmd.adaptive.adaptive`
	`htmd.adaptive.adaptivebandit`
	`htmd.adaptive.adaptivegoal`
	`htmd.adaptive.adaptivegoaleg`
	`htmd.adaptive.adaptiverun`
	`htmd.adaptive.util`
	`htmd.builder`
	`htmd.builder.amber`
	`htmd.builder.builder`
	`htmd.builder.charmm`
	`htmd.builder.ionize`
	`htmd.builder.loopmodeler`
	`htmd.builder.noncanonical`
	`htmd.builder.solvate`
	`htmd.clustering`
	`htmd.clustering.kcenters`
	`htmd.clustering.regular`
	`htmd.config`
	`htmd.decorators`
	`htmd.dock`
	`htmd.home`
	`htmd.kinetics`
	`htmd.latest`
	`htmd.license`
	`htmd.mdengine`
	`htmd.mdengine.acemd`
	`htmd.mdengine.acemd.acemd`
	`htmd.membranebuilder`
	`htmd.membranebuilder.build_membrane`
	`htmd.membranebuilder.globalminimization`
	`htmd.membranebuilder.ljfluid`
	`htmd.membranebuilder.pdbreporter`
	`htmd.membranebuilder.ringpenetration`
	`htmd.membranebuilder.simulate_openmm`
	`htmd.metricdata`
	`htmd.metricdatagenerator`
	`htmd.model`
	`htmd.mutualinformation`
	`htmd.parallelprogress`
	`htmd.pathplanning`
	`htmd.projections`
	`htmd.projections.gwpca`
	`htmd.projections.kmeanstri`
	`htmd.projections.metric`
	`htmd.projections.tica`
	`htmd.protocols`
	`htmd.protocols.equilibration_v3`
	`htmd.protocols.production_v6`
	`htmd.session`
	`htmd.simlist`
	`htmd.ui`
	`htmd.units`
	`htmd.util`
	`htmd.versionwarnings`

	j
	`jobqueues`
	`jobqueues.celeryfiles`
	`jobqueues.celeryfiles.celery`
	`jobqueues.celeryfiles.tasks`
	`jobqueues.celeryqueue`
	`jobqueues.config`
	`jobqueues.home`
	`jobqueues.localqueue`
	`jobqueues.lsfqueue`
	`jobqueues.pbsqueue`
	`jobqueues.playqueue`
	`jobqueues.sgequeue`
	`jobqueues.simqueue`
	`jobqueues.slurmqueue`
	`jobqueues.util`

	m
	`moleculekit`
	`moleculekit.align`
	`moleculekit.atomselect`
	`moleculekit.atomselect.analyze`
	`moleculekit.atomselect.atomselect`
	`moleculekit.atomselect.languageparser`
	`moleculekit.bondguesser`
	`moleculekit.config`
	`moleculekit.dihedral`
	`moleculekit.distance`
	`moleculekit.fileformats`
	`moleculekit.fileformats.netcdf`
	`moleculekit.fileformats.utils`
	`moleculekit.home`
	`moleculekit.interactions`
	`moleculekit.interactions.interactions`
	`moleculekit.molecule`
	`moleculekit.opm`
	`moleculekit.pdbx`
	`moleculekit.pdbx.reader`
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	`moleculekit.pdbx.reader.PdbxContainers`
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	`moleculekit.pdbx.tests`
	`moleculekit.pdbx.tests.PdbxReaderTests`
	`moleculekit.pdbx.tests.PdbxReadWriteTests`
	`moleculekit.pdbx.tests.PdbxWriterTests`
	`moleculekit.pdbx.writer`
	`moleculekit.pdbx.writer.PdbxWriter`
	`moleculekit.periodictable`
	`moleculekit.ply`
	`moleculekit.ply.lex`
	`moleculekit.ply.yacc`
	`moleculekit.projections`
	`moleculekit.projections.metriccoordinate`
	`moleculekit.projections.metricdihedral`
	`moleculekit.projections.metricdistance`
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	`moleculekit.pymolgraphics`
	`moleculekit.rcsb`
	`moleculekit.rdkitintegration`
	`moleculekit.readers`
	`moleculekit.smallmol`
	`moleculekit.smallmol.smallmol`
	`moleculekit.smallmol.smallmolcdp`
	`moleculekit.smallmol.smallmollib`
	`moleculekit.smallmol.test_smallmol`
	`moleculekit.smallmol.test_smallmollib`
	`moleculekit.smallmol.tools`
	`moleculekit.smallmol.tools.clustering`
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	`moleculekit.smallmol.tools.test_tools`
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	`moleculekit.tools`
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	`moleculekit.tools.preparation_customres`
	`moleculekit.tools.sequencestructuralalignment`
	`moleculekit.tools.voxeldescriptors`
	`moleculekit.util`
	`moleculekit.version`
	`moleculekit.viewer`
	`moleculekit.vmdgraphics`
	`moleculekit.vmdviewer`
	`moleculekit.writers`

	p
	`playmolecule`
	`playmolecule.apps`