Python Module Index

h | j | m | p
 
h
htmd
    htmd.adaptive
    htmd.adaptive.adaptive
    htmd.adaptive.adaptivebandit
    htmd.adaptive.adaptivegoal
    htmd.adaptive.adaptivegoaleg
    htmd.adaptive.adaptiverun
    htmd.adaptive.util
    htmd.builder
    htmd.builder.amber
    htmd.builder.builder
    htmd.builder.charmm
    htmd.builder.ionize
    htmd.builder.loopmodeler
    htmd.builder.noncanonical
    htmd.builder.solvate
    htmd.clustering
    htmd.clustering.kcenters
    htmd.clustering.regular
    htmd.config
    htmd.decorators
    htmd.dock
    htmd.home
    htmd.kinetics
    htmd.latest
    htmd.license
    htmd.mdengine
    htmd.mdengine.acemd
    htmd.mdengine.acemd.acemd
    htmd.membranebuilder
    htmd.membranebuilder.build_membrane
    htmd.membranebuilder.globalminimization
    htmd.membranebuilder.ljfluid
    htmd.membranebuilder.pdbreporter
    htmd.membranebuilder.ringpenetration
    htmd.membranebuilder.simulate_openmm
    htmd.metricdata
    htmd.metricdatagenerator
    htmd.model
    htmd.mutualinformation
    htmd.parallelprogress
    htmd.pathplanning
    htmd.projections
    htmd.projections.gwpca
    htmd.projections.kmeanstri
    htmd.projections.metric
    htmd.projections.tica
    htmd.protocols
    htmd.protocols.equilibration_v3
    htmd.protocols.production_v6
    htmd.session
    htmd.simlist
    htmd.ui
    htmd.units
    htmd.util
    htmd.versionwarnings
 
j
jobqueues
    jobqueues.celeryfiles
    jobqueues.celeryfiles.celery
    jobqueues.celeryfiles.tasks
    jobqueues.celeryqueue
    jobqueues.config
    jobqueues.home
    jobqueues.localqueue
    jobqueues.lsfqueue
    jobqueues.pbsqueue
    jobqueues.playqueue
    jobqueues.sgequeue
    jobqueues.simqueue
    jobqueues.slurmqueue
    jobqueues.util
 
m
moleculekit
    moleculekit.align
    moleculekit.atomselect
    moleculekit.atomselect.analyze
    moleculekit.atomselect.atomselect
    moleculekit.atomselect.languageparser
    moleculekit.bondguesser
    moleculekit.config
    moleculekit.dihedral
    moleculekit.distance
    moleculekit.fileformats
    moleculekit.fileformats.netcdf
    moleculekit.fileformats.utils
    moleculekit.home
    moleculekit.interactions
    moleculekit.interactions.interactions
    moleculekit.molecule
    moleculekit.opm
    moleculekit.pdbx
    moleculekit.pdbx.reader
    moleculekit.pdbx.reader.BinaryCifReader
    moleculekit.pdbx.reader.PdbxContainers
    moleculekit.pdbx.reader.PdbxParser
    moleculekit.pdbx.reader.PdbxReader
    moleculekit.pdbx.tests
    moleculekit.pdbx.tests.PdbxReaderTests
    moleculekit.pdbx.tests.PdbxReadWriteTests
    moleculekit.pdbx.tests.PdbxWriterTests
    moleculekit.pdbx.writer
    moleculekit.pdbx.writer.PdbxWriter
    moleculekit.periodictable
    moleculekit.ply
    moleculekit.ply.lex
    moleculekit.ply.yacc
    moleculekit.projections
    moleculekit.projections.metriccoordinate
    moleculekit.projections.metricdihedral
    moleculekit.projections.metricdistance
    moleculekit.projections.metricfluctuation
    moleculekit.projections.metricgyration
    moleculekit.projections.metricplumed2
    moleculekit.projections.metricrmsd
    moleculekit.projections.metricsasa
    moleculekit.projections.metricsecondarystructure
    moleculekit.projections.metricshell
    moleculekit.projections.metricsphericalcoordinate
    moleculekit.projections.metrictmscore
    moleculekit.projections.projection
    moleculekit.projections.util
    moleculekit.pymolgraphics
    moleculekit.rcsb
    moleculekit.rdkitintegration
    moleculekit.readers
    moleculekit.smallmol
    moleculekit.smallmol.smallmol
    moleculekit.smallmol.smallmolcdp
    moleculekit.smallmol.smallmollib
    moleculekit.smallmol.test_smallmol
    moleculekit.smallmol.test_smallmollib
    moleculekit.smallmol.tools
    moleculekit.smallmol.tools.clustering
    moleculekit.smallmol.tools.restrainedembed
    moleculekit.smallmol.tools.test_tools
    moleculekit.smallmol.util
    moleculekit.tools
    moleculekit.tools.atomtyper
    moleculekit.tools.autosegment
    moleculekit.tools.crystalpacking
    moleculekit.tools.detect
    moleculekit.tools.docking
    moleculekit.tools.graphalignment
    moleculekit.tools.hhblitsprofile
    moleculekit.tools.modelling
    moleculekit.tools.moleculechecks
    moleculekit.tools.obabel_tools
    moleculekit.tools.obabel_tools.obabel_cli
    moleculekit.tools.preparation
    moleculekit.tools.preparation_customres
    moleculekit.tools.sequencestructuralalignment
    moleculekit.tools.voxeldescriptors
    moleculekit.util
    moleculekit.version
    moleculekit.viewer
    moleculekit.vmdgraphics
    moleculekit.vmdviewer
    moleculekit.writers
 
p
playmolecule
    playmolecule.apps