htmd.builder package

Submodules

• htmd.builder.amber module
  • build()
  • defaultAmberHome()
  • defaultFf()
  • defaultParam()
  • defaultTopo()
  • htmdAmberHome()
  • listFiles()
• htmd.builder.builder module
  • BuildError
  • MissingAngleError
  • MissingAtomTypeError
  • MissingBondError
  • MissingParameterError
  • MissingResidueError
  • MissingTorsionError
  • MixedSegmentError
  • ResidueInsertionError
  • convertDisulfide()
  • detectCisPeptideBonds()
  • detectDisulfideBonds()
  • embed()
  • minimalRotation()
  • removeAtomsInHull()
  • removeHET()
  • removeLipidsInProtein()
  • tileMembrane()
• htmd.builder.charmm module
  • build()
  • cleanup_charmm_prm()
  • combine()
  • defaultParam()
  • defaultStream()
  • defaultTopo()
  • htmdCharmmHome()
  • listFiles()
  • search()
  • split()
• htmd.builder.ionize module
  • ionize()
  • ionizePlace()
• htmd.builder.loopmodeler module
  • loopModeller()
• htmd.builder.noncanonical module
  • parameterizeNonCanonicalResidues()
• htmd.builder.solvate module
  • solvate()

Module contents