htmd package

Subpackages

• htmd.adaptive package
  • Submodules
    • htmd.adaptive.adaptive module
    • htmd.adaptive.adaptivebandit module
    • htmd.adaptive.adaptivegoal module
    • htmd.adaptive.adaptivegoaleg module
    • htmd.adaptive.adaptiverun module
    • htmd.adaptive.util module
  • Module contents
• htmd.builder package
  • Submodules
    • htmd.builder.amber module
    • htmd.builder.builder module
    • htmd.builder.charmm module
    • htmd.builder.ionize module
    • htmd.builder.loopmodeler module
    • htmd.builder.noncanonical module
    • htmd.builder.solvate module
  • Module contents
• htmd.clustering package
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    • htmd.clustering.kcenters module
    • htmd.clustering.regular module
  • Module contents
• htmd.mdengine package
  • Subpackages
    • htmd.mdengine.acemd package
      • Submodules
      • Module contents
  • Module contents
• htmd.membranebuilder package
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    • htmd.membranebuilder.build_membrane module
    • htmd.membranebuilder.globalminimization module
    • htmd.membranebuilder.ljfluid module
    • htmd.membranebuilder.pdbreporter module
    • htmd.membranebuilder.ringpenetration module
    • htmd.membranebuilder.simulate_openmm module
  • Module contents
• htmd.molecule package
  • Submodules
    • htmd.molecule.molecule module
    • htmd.molecule.util module
  • Module contents
• htmd.projections package
  • Submodules
    • htmd.projections.gwpca module
    • htmd.projections.kmeanstri module
    • htmd.projections.metric module
    • htmd.projections.metriccoordinate module
    • htmd.projections.metricdihedral module
    • htmd.projections.metricdistance module
    • htmd.projections.metricfluctuation module
    • htmd.projections.metricplumed2 module
    • htmd.projections.metricrmsd module
    • htmd.projections.metricsasa module
    • htmd.projections.metricsecondarystructure module
    • htmd.projections.metricshell module
    • htmd.projections.metricsphericalcoordinate module
    • htmd.projections.metrictmscore module
    • htmd.projections.tica module
  • Module contents
• htmd.protocols package
  • Submodules
    • htmd.protocols.equilibration_v3 module
    • htmd.protocols.production_v6 module
  • Module contents
• htmd.queues package
  • Submodules
    • htmd.queues.localqueue module
    • htmd.queues.lsfqueue module
    • htmd.queues.pbsqueue module
    • htmd.queues.playqueue module
    • htmd.queues.simqueue module
    • htmd.queues.slurmqueue module
  • Module contents

Submodules

• htmd.config module
• htmd.decorators module
• htmd.dock module
• htmd.home module
• htmd.kinetics module
• htmd.latest module
• htmd.license module
• htmd.metricdata module
• htmd.metricdatagenerator module
• htmd.model module
• htmd.mutualinformation module
• htmd.parallelprogress module
• htmd.pathplanning module
• htmd.session module
• htmd.simlist module
• htmd.ui module
• htmd.units module
• htmd.util module
• htmd.version module
• htmd.versionwarnings module

Module contents