moleculekit.tools package

Subpackages

• moleculekit.tools.obabel_tools package
  • Submodules
    • moleculekit.tools.obabel_tools.obabel_cli module
      • getOpenBabelProperties()
  • Module contents
    • getOpenBabelProperties()
    • openbabelConvert()

Submodules

• moleculekit.tools.atomtyper module
  • atomtypingValidityChecks()
  • getFeatures()
  • getPDBQTAtomType()
  • getPDBQTAtomTypesAndCharges()
  • parallel()
  • prepareProteinForAtomtyping()
• moleculekit.tools.autosegment module
  • autoSegment()
  • autoSegment2()
• moleculekit.tools.crystalpacking module
  • generateCrystalPacking()
• moleculekit.tools.detect module
  • connected_component_subgraphs()
  • detectEquivalentAtoms()
  • detectParameterizableCores()
  • detectParameterizableDihedrals()
  • rooted_tree_isomorphism()
• moleculekit.tools.docking module
  • dock()
• moleculekit.tools.graphalignment module
  • compareGraphs()
  • createProductGraph()
  • makeMolGraph()
  • maximalSubstructureAlignment()
  • mcsAtomMatching()
• moleculekit.tools.hhblitsprofile module
  • getSequenceProfile()
• moleculekit.tools.modelling module
  • model_gaps()
• moleculekit.tools.moleculechecks module
  • areLigandsDocked()
  • areLigandsOptimized()
  • closestDistance()
  • isLigandDocked()
  • isLigandOptimized()
  • isProteinProtonated()
  • proteinHasBonds()
• moleculekit.tools.preparation module
  • proteinPrepare()
  • systemPrepare()
• moleculekit.tools.preparation_customres module
  • CustomResidue
    • CustomResidue.letter_code()
• moleculekit.tools.sequencestructuralalignment module
  • sequenceStructureAlignment()
• moleculekit.tools.voxeldescriptors module
  • getCenters()
  • getChannels()
  • getVoxelDescriptors()
  • rotateCoordinates()
  • viewVoxelFeatures()

Module contents