moleculekit.smallmol package

Subpackages

• moleculekit.smallmol.tools package
  • Submodules
    • moleculekit.smallmol.tools.clustering module
      • DiceDistances()
      • ParallelExecutor()
      • TanimotoDistances()
      • cluster()
      • getMaximumCommonSubstructure()
    • moleculekit.smallmol.tools.restrainedembed module
      • restrainedEmbed()
    • moleculekit.smallmol.tools.test_tools module
  • Module contents

Submodules

• moleculekit.smallmol.smallmol module
  • SmallMol
    • SmallMol.addHs()
    • SmallMol.align()
    • SmallMol.assignStereoChemistry()
    • SmallMol.containsMetals()
    • SmallMol.copy()
    • SmallMol.depict()
    • SmallMol.dropFrames()
    • SmallMol.filter()
    • SmallMol.foundBondBetween()
    • SmallMol.frame
    • SmallMol.generateConformers()
    • SmallMol.get()
    • SmallMol.getAtoms()
    • SmallMol.getCenter()
    • SmallMol.getDescriptors()
    • SmallMol.getFingerprint()
    • SmallMol.getProp()
    • SmallMol.getTautomers()
    • SmallMol.isChiral()
    • SmallMol.ligname
    • SmallMol.numAtoms
    • SmallMol.numFrames
    • SmallMol.removeHs()
    • SmallMol.setProp()
    • SmallMol.stripSalts()
    • SmallMol.toMolecule()
    • SmallMol.toSMARTS()
    • SmallMol.toSMILES()
    • SmallMol.view()
    • SmallMol.write()
• moleculekit.smallmol.smallmolcdp module
  • SmallMolCDP
    • SmallMolCDP.atomtype
    • SmallMolCDP.bonds
    • SmallMolCDP.bondtype
    • SmallMolCDP.charge
    • SmallMolCDP.coords
    • SmallMolCDP.element
    • SmallMolCDP.formalcharge
    • SmallMolCDP.generateConformers()
    • SmallMolCDP.ligname
    • SmallMolCDP.name
    • SmallMolCDP.numAtoms
    • SmallMolCDP.numFrames
    • SmallMolCDP.toMolecule()
    • SmallMolCDP.view()
• moleculekit.smallmol.smallmollib module
  • SmallMolLib
    • SmallMolLib.appendSmallLib()
    • SmallMolLib.appendSmallMol()
    • SmallMolLib.copy()
    • SmallMolLib.depict()
    • SmallMolLib.getMols()
    • SmallMolLib.numMols
    • SmallMolLib.removeMols()
    • SmallMolLib.toDataFrame()
    • SmallMolLib.writeSdf()
    • SmallMolLib.writeSmiles()
  • SmallMolStack
  • csvReader()
  • sdfReader()
  • smiReader()
• moleculekit.smallmol.test_smallmol module
• moleculekit.smallmol.test_smallmollib module
• moleculekit.smallmol.util module
  • convertToString()
  • depictMultipleMols()
  • getChemblLigandByDrugName()
  • getChemblSimilarLigandsBySmile()
  • getRCSBLigandByLigname()

Module contents