moleculekit package

Subpackages

• moleculekit.atomselect package
  • Submodules
    • moleculekit.atomselect.analyze module
      • analyze()
      • find_backbone()
    • moleculekit.atomselect.atomselect module
      • atomselect()
      • get_molprop()
      • traverse_ast()
    • moleculekit.atomselect.languageparser module
      • p_compop()
      • p_error()
      • p_expression_backbonetype()
      • p_expression_comp()
      • p_expression_exwithin()
      • p_expression_grouped()
      • p_expression_logop()
      • p_expression_molprop()
      • p_expression_numprop()
      • p_expression_sameas()
      • p_expression_unary_not()
      • p_expression_within()
      • p_float()
      • p_float_unary_minus()
      • p_func_number()
      • p_integer()
      • p_integer_range()
      • p_integer_unary_minus()
      • p_literal_list()
      • p_logop()
      • p_mathop()
      • p_molecule()
      • p_molprop_int()
      • p_molprop_int_comp()
      • p_molprop_int_eq()
      • p_molprop_int_modulo()
      • p_molprop_string()
      • p_molprop_string_eq()
      • p_num_funcs()
      • p_number()
      • p_number_expression()
      • p_number_mathop()
      • p_number_unary_minus()
      • p_numprop_as_str()
      • p_numprop_eq_list()
      • p_numprop_eq_number()
      • p_numprop_mathop()
      • p_numprop_number()
      • p_prop_funcs()
      • p_string()
      • t_FLOAT()
      • t_INTEGER()
      • t_QUOTEDFLOAT()
      • t_QUOTEDINT()
      • t_QUOTEDSTRING()
      • t_QUOTEDSTRINGSINGLE()
      • t_STRING()
      • t_XCOOR()
      • t_YCOOR()
      • t_ZCOOR()
      • t_error()
  • Module contents
• moleculekit.fileformats package
  • Submodules
    • moleculekit.fileformats.netcdf module
      • netcdf_file
      • netcdf_variable
    • moleculekit.fileformats.utils module
      • TypeCastPerformanceWarning
      • cast_indices()
      • ensure_type()
  • Module contents
• moleculekit.interactions package
  • Submodules
    • moleculekit.interactions.interactions module
      • cationpi_calculate()
      • filter_props()
      • get_donors_acceptors()
      • get_ligand_aryl_halides()
      • get_ligand_charged()
      • get_ligand_donors_acceptors()
      • get_ligand_props()
      • get_ligand_rings()
      • get_metal_charged()
      • get_nucleic_charged()
      • get_nucleic_rings()
      • get_protein_aryl_halides()
      • get_protein_charged()
      • get_protein_rings()
      • get_receptor_props()
      • get_receptor_rings()
      • hbonds_calculate()
      • hydrophobic_calculate()
      • metal_coordination_calculate()
      • offset_ligand_props()
      • pipi_calculate()
      • saltbridge_calculate()
      • sigmahole_calculate()
      • view_hbonds()
      • waterbridge_calculate()
  • Module contents
• moleculekit.pdbx package
  • Subpackages
    • moleculekit.pdbx.reader package
      • Submodules
      • Module contents
    • moleculekit.pdbx.writer package
      • Submodules
      • Module contents
  • Module contents
• moleculekit.ply package
  • Submodules
    • moleculekit.ply.lex module
      • LexError
      • LexToken
      • Lexer
      • LexerReflect
      • PlyLogger
      • TOKEN()
      • get_caller_module_dict()
      • input()
      • lex()
      • runmain()
      • token()
    • moleculekit.ply.yacc module
      • Grammar
      • GrammarError
      • LALRError
      • LRItem
      • LRParser
      • LRTable
      • NullLogger
      • ParserReflect
      • PlyLogger
      • Production
      • YaccError
      • YaccProduction
      • YaccSymbol
      • digraph()
      • format_result()
      • format_stack_entry()
      • get_caller_module_dict()
      • parse()
      • parse_grammar()
      • rightmost_terminal()
      • traverse()
      • yacc()
  • Module contents
• moleculekit.projections package
  • Submodules
    • moleculekit.projections.metriccoordinate module
      • MetricCoordinate
    • moleculekit.projections.metricdihedral module
      • AtomNotFoundException
      • Dihedral
      • MetricDihedral
    • moleculekit.projections.metricdistance module
      • MetricDistance
      • MetricSelfDistance
      • contactVecToMatrix()
      • reconstructContactMap()
    • moleculekit.projections.metricfluctuation module
      • MetricFluctuation
    • moleculekit.projections.metricgyration module
      • MetricGyration
    • moleculekit.projections.metricplumed2 module
      • MetricPlumed2
      • PlumedCOM
      • PlumedCV
      • PlumedGenericGroup
      • PlumedGroup
      • PlumedMolinfo
      • PlumedStatement
      • PlumedVerbatim
      • genTemplate()
      • manual()
    • moleculekit.projections.metricrmsd module
      • MetricRmsd
    • moleculekit.projections.metricsasa module
      • MetricSasa
    • moleculekit.projections.metricsecondarystructure module
      • MetricSecondaryStructure
    • moleculekit.projections.metricshell module
      • MetricShell
    • moleculekit.projections.metricsphericalcoordinate module
      • MetricSphericalCoordinate
    • moleculekit.projections.metrictmscore module
      • MetricTMscore
    • moleculekit.projections.projection module
      • Projection
    • moleculekit.projections.util module
      • get_reduced_distances()
      • pp_calcDistances()
      • pp_calcMinDistances()
  • Module contents
• moleculekit.smallmol package
  • Submodules
    • moleculekit.smallmol.smallmol module
      • SmallMol
    • moleculekit.smallmol.smallmolcdp module
      • SmallMolCDP
    • moleculekit.smallmol.smallmollib module
      • SmallMolLib
      • SmallMolStack
      • csvReader()
      • sdfReader()
      • smiReader()
    • moleculekit.smallmol.util module
      • convertToString()
      • depictMultipleMols()
      • getChemblLigandByDrugName()
      • getChemblSimilarLigandsBySmile()
      • getRCSBLigandByLigname()
  • Module contents
• moleculekit.tools package
  • Subpackages
    • moleculekit.tools.obabel_tools package
      • Submodules
      • Module contents
  • Submodules
    • moleculekit.tools.atomtyper module
      • atomtypingValidityChecks()
      • getFeatures()
      • getPDBQTAtomType()
      • getPDBQTAtomTypesAndCharges()
      • parallel()
      • prepareProteinForAtomtyping()
    • moleculekit.tools.autosegment module
      • autoSegment()
      • autoSegment2()
    • moleculekit.tools.crystalpacking module
      • generateCrystalPacking()
    • moleculekit.tools.detect module
      • connected_component_subgraphs()
      • detectEquivalentAtoms()
      • detectParameterizableCores()
      • detectParameterizableDihedrals()
      • rooted_tree_isomorphism()
    • moleculekit.tools.docking module
      • dock()
    • moleculekit.tools.graphalignment module
      • compareGraphs()
      • createProductGraph()
      • makeMolGraph()
      • maximalSubstructureAlignment()
      • mcsAtomMatching()
    • moleculekit.tools.hhblitsprofile module
      • getSequenceProfile()
    • moleculekit.tools.modelling module
      • model_gaps()
    • moleculekit.tools.moleculechecks module
      • areLigandsDocked()
      • areLigandsOptimized()
      • closestDistance()
      • isLigandDocked()
      • isLigandOptimized()
      • isProteinProtonated()
      • proteinHasBonds()
    • moleculekit.tools.preparation module
      • proteinPrepare()
      • systemPrepare()
    • moleculekit.tools.preparation_customres module
      • CustomResidue
    • moleculekit.tools.sequencestructuralalignment module
      • sequenceStructureAlignment()
    • moleculekit.tools.voxeldescriptors module
      • getCenters()
      • getChannels()
      • getVoxelDescriptors()
      • rotateCoordinates()
      • viewVoxelFeatures()
  • Module contents

Submodules

• moleculekit.align module
  • molTMalign()
  • molTMscore()
• moleculekit.bondguesser module
  • bond_grid_search()
  • guess_bonds()
  • guess_bonds_rdkit()
• moleculekit.config module
  • config()
• moleculekit.dihedral module
  • dihedralAngle()
• moleculekit.distance module
  • calculate_contacts()
  • cdist()
  • pdist()
  • squareform()
• moleculekit.molecule module
  • Molecule
    • Molecule.numAtoms
    • Molecule.numFrames
    • Molecule.numResidues
    • Molecule.record
    • Molecule.serial
    • Molecule.name
    • Molecule.altloc
    • Molecule.resname
    • Molecule.chain
    • Molecule.resid
    • Molecule.insertion
    • Molecule.occupancy
    • Molecule.beta
    • Molecule.segid
    • Molecule.element
    • Molecule.charge
    • Molecule.masses
    • Molecule.atomtype
    • Molecule.formalcharge
    • Molecule.coords
    • Molecule.box
    • Molecule.boxangles
    • Molecule.bonds
    • Molecule.bondtype
    • Molecule.angles
    • Molecule.dihedrals
    • Molecule.impropers
    • Molecule.crystalinfo
    • Molecule.frame
    • Molecule.fileloc
    • Molecule.time
    • Molecule.fstep
    • Molecule.reps
    • Molecule.viewname
    • Molecule.addBond()
    • Molecule.align()
    • Molecule.alignBySequence()
    • Molecule.append()
    • Molecule.appendFrames()
    • Molecule.atomselect()
    • Molecule.boxvectors
    • Molecule.center()
    • Molecule.copy()
    • Molecule.deleteBonds()
    • Molecule.dropFrames()
    • Molecule.empty()
    • Molecule.filter()
    • Molecule.frame
    • Molecule.fromDict()
    • Molecule.fromRDKitMol()
    • Molecule.fstep
    • Molecule.get()
    • Molecule.getCenter()
    • Molecule.getDihedral()
    • Molecule.getNeighbors()
    • Molecule.guessBonds()
    • Molecule.hasBond()
    • Molecule.insert()
    • Molecule.moveBy()
    • Molecule.mutateResidue()
    • Molecule.numAtoms
    • Molecule.numBonds
    • Molecule.numFrames
    • Molecule.numResidues
    • Molecule.read()
    • Molecule.remove()
    • Molecule.removeBond()
    • Molecule.renumberResidues()
    • Molecule.reorderAtoms()
    • Molecule.rotateBy()
    • Molecule.sequence()
    • Molecule.set()
    • Molecule.setDihedral()
    • Molecule.templateResidueFromSmiles()
    • Molecule.toDict()
    • Molecule.toGraph()
    • Molecule.toOpenFFMolecule()
    • Molecule.toRDKitMol()
    • Molecule.translateBy()
    • Molecule.view()
    • Molecule.wrap()
    • Molecule.write()
    • Molecule.x
    • Molecule.y
    • Molecule.z
  • Representations
    • Representations.add()
    • Representations.append()
    • Representations.list()
    • Representations.remove()
  • TopologyInconsistencyError
  • UniqueAtomID
    • UniqueAtomID.fromMolecule()
    • UniqueAtomID.selectAtom()
  • UniqueResidueID
    • UniqueResidueID.fromMolecule()
    • UniqueResidueID.selectAtoms()
  • calculateUniqueBonds()
  • getBondedGroups()
  • mol_equal()
• moleculekit.opm module
  • align_to_opm()
  • blast_search_opm()
  • generate_opm_sequences()
  • get_opm_pdb()
• moleculekit.periodictable module
  • elements_from_masses()
• moleculekit.pymolgraphics module
  • draw_cylinder()
  • group_objects()
• moleculekit.rcsb module
  • rcsbFindLigands()
  • rcsbFindMutatedResidues()
• moleculekit.rdkitintegration module
  • StandardPDBChiralAtom()
  • StandardPDBResidueChirality()
  • toRDKITmol()
• moleculekit.readers module
  • ALPHAFOLDread()
  • BCIFread()
  • BINCOORread()
  • BINPOSread()
  • CIFread()
  • CRDCARDread()
  • CRDread()
  • DCDread()
  • FormatError
  • GJFread()
  • GROTOPread()
  • INPCRDread()
  • JSONread()
  • MAEread()
  • MDTRAJTOPOread()
  • MDTRAJread()
  • MMTFread()
  • MOL2read()
  • MolFactory
    • MolFactory.construct()
  • NETCDFread()
  • PDBQTread()
  • PDBread()
  • PREPIread()
  • PRMTOPread()
  • PSFread()
  • RTFread()
  • SDFread()
  • TRRread()
  • Topology
    • Topology.atominfo
    • Topology.fromMolecule()
  • TopologyInconsistencyError
  • Trajectory
    • Trajectory.numFrames
  • XSCread()
  • XTCread()
  • XYZread()
  • get_raw_data_from_url()
  • openFileOrStringIO()
  • parseV3000SDF()
  • pdbGuessElementByName()
  • sdf_generator()
• moleculekit.unitcell module
  • box_vectors_to_lengths_and_angles()
  • lengths_and_angles_to_box_vectors()
  • lengths_and_angles_to_tilt_factors()
• moleculekit.util module
  • assertSameAsReferenceDir()
  • boundingBox()
  • calculateAnglesAndDihedrals()
  • check_port()
  • ensurelist()
  • file_diff()
  • find_executable()
  • folder_diff()
  • guessAnglesAndDihedrals()
  • maxDistance()
  • molRMSD()
  • natsorted()
  • opm()
  • orientOnAxes()
  • readCube()
  • rotationMatrix()
  • rotation_matrix_from_vectors()
  • sequenceID()
  • string_to_tempfile()
  • tempname()
  • uniformRandomRotation()
  • wait_for_port()
  • writeCube()
  • writeVoxels()
• moleculekit.viewer module
  • getCurrentPMViewer()
  • getCurrentPymolViewer()
  • getCurrentViewer()
• moleculekit.vmdgraphics module
  • VMDBox
  • VMDConvexHull
  • VMDCylinder
  • VMDGraphicObject
    • VMDGraphicObject.counter
    • VMDGraphicObject.delete()
    • VMDGraphicObject.tq()
  • VMDIsosurface
    • VMDIsosurface.delete()
  • VMDLabels
    • VMDLabels.count
    • VMDLabels.delete()
  • VMDSphere
  • VMDText
• moleculekit.vmdviewer module
  • VMD
    • VMD.close()
    • VMD.completed()
    • VMD.copy()
    • VMD.loadMol()
    • VMD.movie_reps()
    • VMD.render()
    • VMD.rep()
    • VMD.send()
  • getCurrentViewer()
  • getVMDpath()
  • viewer()
• moleculekit.writers module
  • BCIFwrite()
  • BINCOORwrite()
  • BINPOSwrite()
  • CIFwrite()
  • DCDwrite()
  • GROwrite()
  • INPCRDwrite()
  • JSONwrite()
  • MDTRAJwrite()
  • MMTFwrite()
  • MOL2write()
  • NETCDFwrite()
  • PDBQTwrite()
  • PDBwrite()
  • PSFwrite()
  • SDFwrite()
  • TRRwrite()
  • XSCwrite()
  • XTCwrite()
  • XYZwrite()
  • checkTruncations()

Module contents