API reference#
Auto-generated module documentation, grouped by topic.
Core#
Atom selection#
Geometry and analysis#
Projections#
- moleculekit.projections.metriccoordinate module
- moleculekit.projections.metricdihedral module
- moleculekit.projections.metricdistance module
- moleculekit.projections.metricfluctuation module
- moleculekit.projections.metricgyration module
- moleculekit.projections.metricplumed2 module
- moleculekit.projections.metricrmsd module
- moleculekit.projections.metricsasa module
- moleculekit.projections.metricsecondarystructure module
- moleculekit.projections.metricshell module
- moleculekit.projections.metricsphericalcoordinate module
- moleculekit.projections.metrictmscore module
- moleculekit.projections.projection module
- moleculekit.projections package
- moleculekit.projections.util module
Interactions#
Toolkit conversion#
File formats#
- moleculekit.pdbx.reader.PdbxReader module
- moleculekit.pdbx.writer.PdbxWriter module
- moleculekit.pdbx.reader.BinaryCifReader module
- moleculekit.pdbx.writer.BinaryCifWriter module
- moleculekit.pdbx.reader.PdbxContainers module
- moleculekit.pdbx.reader.PdbxParser module
- moleculekit.pdbx package
- moleculekit.pdbx.reader package
- moleculekit.pdbx.writer package
- moleculekit.fileformats.netcdf module
- moleculekit.fileformats package
- moleculekit.fileformats.utils module
- moleculekit.binpos module
- moleculekit.dcd module
- moleculekit.trr module
- moleculekit.xtc module
Tools#
- moleculekit.tools.preparation module
- moleculekit.tools.nonstandard_residues module
- moleculekit.tools.preparation_customres module
- moleculekit.tools.mutate module
- moleculekit.tools.modelling module
- moleculekit.tools.autosegment module
- moleculekit.tools.backbone module
- moleculekit.tools.atomtyper module
- moleculekit.tools.detect module
- moleculekit.tools.docking module
- moleculekit.tools.graphalignment module
- moleculekit.tools.hhblitsprofile module
- moleculekit.tools.moleculechecks module
- moleculekit.tools.sequencestructuralalignment module
- moleculekit.tools.voxeldescriptors module
- moleculekit.tools.crystalpacking module
- moleculekit.tools.obabel_tools package
- moleculekit.tools.obabel_tools.obabel_cli module
- moleculekit.tools package
Visualization#
- moleculekit.viewer package
- moleculekit.viewer.molstar package
- moleculekit.viewer.molstar.registry module
- moleculekit.viewer.molstar.serialize module
- moleculekit.viewer.molstar.server module
- moleculekit.vmdviewer module
- moleculekit.vmdgraphics module
- moleculekit.pymolgraphics module
- moleculekit.representations module
External resources#
Small molecules#
Internals and low-level modules#
- moleculekit package
- moleculekit.cython_utils module
- moleculekit.bondguesser_utils module
- moleculekit.distance_utils module
- moleculekit.occupancy_utils module
- moleculekit.kdtree package
- moleculekit.openmmtools module
- moleculekit.tmalign module
- moleculekit.ply package
- moleculekit.ply.lex module
- moleculekit.ply.yacc module