Python Module Index

h | m
 
h
htmd
    htmd.adaptive
    htmd.adaptive.adaptive
    htmd.adaptive.adaptivebandit
    htmd.adaptive.adaptivegoal
    htmd.adaptive.adaptivegoaleg
    htmd.adaptive.adaptiverun
    htmd.adaptive.util
    htmd.apps
    htmd.apps.acemd
    htmd.apps.pmemd
    htmd.builder
    htmd.builder.amber
    htmd.builder.builder
    htmd.builder.charmm
    htmd.builder.ionize
    htmd.builder.loopmodeler
    htmd.builder.preparation
    htmd.builder.solvate
    htmd.charge
    htmd.charge.charge
    htmd.charge.compare
    htmd.charge.esp
    htmd.clustering
    htmd.clustering.kcenters
    htmd.clustering.regular
    htmd.config
    htmd.decorators
    htmd.dock
    htmd.ffevaluation
    htmd.ffevaluation.ffevaluate
    htmd.ffevaluation.test_ffevaluate
    htmd.home
    htmd.kinetics
    htmd.kineticshmm
    htmd.latest
    htmd.membranebuilder
    htmd.membranebuilder.build_membrane
    htmd.membranebuilder.globalminimization
    htmd.membranebuilder.ljfluid
    htmd.membranebuilder.pdbreporter
    htmd.membranebuilder.ringpenetration
    htmd.membranebuilder.simulate_openmm
    htmd.metricdata
    htmd.model
    htmd.modelhmm
    htmd.molecule
    htmd.molecule.molecule
    htmd.molecule.util
    htmd.mutualinformation
    htmd.numbautil
    htmd.parallelprogress
    htmd.parameterization
    htmd.parameterization.cli
    htmd.parameterization.detect
    htmd.parameterization.dihedral
    htmd.parameterization.fftype
    htmd.parameterization.fixes
    htmd.parameterization.parameterset
    htmd.parameterization.readers
    htmd.parameterization.test
    htmd.parameterization.util
    htmd.parameterization.writers
    htmd.pathplanning
    htmd.projections
    htmd.projections.gwpca
    htmd.projections.kmeanstri
    htmd.projections.metric
    htmd.projections.metriccoordinate
    htmd.projections.metricdihedral
    htmd.projections.metricdistance
    htmd.projections.metricfluctuation
    htmd.projections.metricplumed2
    htmd.projections.metricrmsd
    htmd.projections.metricsasa
    htmd.projections.metricsecondarystructure
    htmd.projections.metricshell
    htmd.projections.metricsphericalcoordinate
    htmd.projections.metrictmscore
    htmd.projections.tica
    htmd.protocols
    htmd.protocols.equilibration_v1
    htmd.protocols.equilibration_v2
    htmd.protocols.oldprotocolinterface
    htmd.protocols.pmemdequilibration
    htmd.protocols.pmemdproduction
    htmd.protocols.production_v1
    htmd.protocols.production_v2
    htmd.protocols.production_v3
    htmd.protocols.production_v4
    htmd.protocols.production_v5
    htmd.protocols.production_v6
    htmd.qm
    htmd.qm.base
    htmd.qm.custom
    htmd.qm.fake
    htmd.qm.gaussian
    htmd.qm.psi4
    htmd.qm.test
    htmd.queues
    htmd.queues.acecloudqueue
    htmd.queues.localqueue
    htmd.queues.lsfqueue
    htmd.queues.pbsqueue
    htmd.queues.simqueue
    htmd.queues.slurmqueue
    htmd.session
    htmd.simlist
    htmd.ui
    htmd.units
    htmd.util
    htmd.version
 
m
moleculekit
    moleculekit.align
    moleculekit.config
    moleculekit.dihedral
    moleculekit.home
    moleculekit.molecule
    moleculekit.pdbx
    moleculekit.pdbx.reader
    moleculekit.pdbx.reader.PdbxContainers
    moleculekit.pdbx.reader.PdbxParser
    moleculekit.pdbx.reader.PdbxReader
    moleculekit.pdbx.tests
    moleculekit.pdbx.tests.PdbxReaderTests
    moleculekit.pdbx.tests.PdbxReadWriteTests
    moleculekit.pdbx.tests.PdbxWriterTests
    moleculekit.pdbx.writer
    moleculekit.pdbx.writer.PdbxWriter
    moleculekit.periodictable
    moleculekit.projections
    moleculekit.projections.metriccoordinate
    moleculekit.projections.metricdihedral
    moleculekit.projections.metricdistance
    moleculekit.projections.metricfluctuation
    moleculekit.projections.metricplumed2
    moleculekit.projections.metricrmsd
    moleculekit.projections.metricsasa
    moleculekit.projections.metricsecondarystructure
    moleculekit.projections.metricshell
    moleculekit.projections.metricsphericalcoordinate
    moleculekit.projections.metrictmscore
    moleculekit.projections.projection
    moleculekit.projections.util
    moleculekit.rcsb
    moleculekit.rdkitintegration
    moleculekit.readers
    moleculekit.smallmol
    moleculekit.smallmol.smallmol
    moleculekit.smallmol.smallmollib
    moleculekit.smallmol.test_smallmol
    moleculekit.smallmol.test_smallmollib
    moleculekit.smallmol.tools
    moleculekit.smallmol.tools.clustering
    moleculekit.smallmol.tools.molvstautomer
    moleculekit.smallmol.tools.restrainedembed
    moleculekit.smallmol.tools.tautomers
    moleculekit.smallmol.tools.test_tools
    moleculekit.smallmol.util
    moleculekit.support
    moleculekit.tools
    moleculekit.tools.atomtyper
    moleculekit.tools.autosegment
    moleculekit.tools.crystalpacking
    moleculekit.tools.graphalignment
    moleculekit.tools.hhblitsprofile
    moleculekit.tools.pka
    moleculekit.tools.preparation
    moleculekit.tools.preparationdata
    moleculekit.tools.sequencestructuralalignment
    moleculekit.tools.voxeldescriptors
    moleculekit.util
    moleculekit.version
    moleculekit.vmdgraphics
    moleculekit.vmdparser
    moleculekit.vmdviewer
    moleculekit.wrap
    moleculekit.writers